Bases de la bioinformatique et de l'assemblage du génome : des données brutes à l'analyse

La recherche biologique moderne repose fortement sur les données génomiques, mais l'analyse des fichiers de séquençage bruts peut sembler décourageante pour les débutants. Ce cours vous guide à travers les étapes essentielles du traitement des données bioinformatiques, vous montrant comment transformer des lectures de séquences non raffinées en assemblages de génomes significatifs directement sur un ordinateur standard. Vous commencerez par la terminologie clé, en apprenant les concepts fondamentaux du séquençage de nouvelle génération, les métriques de qualité et les formats de fichiers. Grâce à des explications écrites claires et à des exemples informatiques, vous progresserez étape par étape, de l'acquisition des données à la reconstruction du génome. Ce que vous apprendrez : • Comprendre les formats de données génomiques clés et la terminologie fondamentale du séquençage • Récupérer des ensembles de données de séquençage publics à partir de dépôts biologiques ouverts • Évaluer la qualité des lectures et appliquer des stratégies de découpage pour nettoyer les données brutes • Effectuer un assemblage de génome de novo à l'aide d'outils bioinformatiques standard • Évaluer les métriques d'assemblage et la qualité des contigs • Explorer les concepts de flux de travail modernes pour la recherche génomique reproductible. Le matériel passe de manière transparente des principes fondamentaux aux pipelines d'analyse complets. Conçu pour les biologistes, les étudiants et les passionnés des sciences de la vie sans expérience préalable en bioinformatique requise. Commencez à lire et développez vos compétences en analyse génomique dès aujourd'hui.