Analyse de métabarcoding et métagénomique 16S avec Galaxy

Comprendre le monde complexe des communautés microbiennes est essentiel pour la recherche biologique et médicale moderne, mais les données brutes de séquençage peuvent sembler écrasantes. Ce cours basé sur du texte vous apprend à traiter et interpréter les données 16S rRNA à l'aide de Galaxy, une plateforme web puissante qui ne nécessite aucune programmation. À la fin de ce cours, vous passerez de débutant à analyste confiant, capable d'exécuter des pipelines de métagénomique standard. Vous lirez des explications claires, comprendrez les concepts biologiques sous-jacents et apprendrez à interpréter les profils taxonomiques. Ce que vous apprendrez : Comprendre les concepts fondamentaux du séquençage 16S rRNA, du métabarcoding et de la métagénomique ; Naviguer dans l'interface de la plateforme Galaxy pour télécharger des données, exécuter des outils et gérer l'historique ; Effectuer le contrôle qualité et le prétraitement des lectures de séquençage brutes pour garantir des résultats fiables ; Classifier les groupes taxonomiques et comparer les unités taxonomiques opérationnelles (OTU) avec les variantes de séquences d'amplicons (ASV) modernes ; Interpréter les métriques de diversité écologique et les tracés d'abondance taxonomique pour tirer des conclusions biologiques. Le cours commence par la terminologie de base et la théorie derrière le séquençage des gènes marqueurs avant de vous guider étape par étape à travers un pipeline d'analyse de données complet. Vous apprendrez à configurer des outils, à enchaîner des tâches et à résoudre les problèmes courants de qualité des données. Ce cours est conçu pour les débutants, les étudiants et les chercheurs en sciences de la vie qui souhaitent analyser des données de microbiome sans écrire de code en ligne de commande. Aucune expérience préalable en programmation ou en bioinformatique n'est requise. Commencez votre voyage dans l'analyse de données microbiennes et découvrez les secrets du microbiome dès aujourd'hui.